היערכות בישראל כי היום (שני) יפיל צה"ל בניינים בטהראן ויפגע בתשתיות לאומיות, בתגובה להרג אזרחים ישראלים ולפגיעה בתשתיות בישראל. בצה"ל התמקדו כבר בראשית המבצע לדייק את התקיפות ולבודד את האוכלוסייה האיראנית, בין היתר במסרים תקשורתיים, אך ככל שחלפו השעות הגבירו האיראנים את השיגורים לעבר אזורי אוכלוסייה בישראל.
גורמים במערכת הביטחון אמרו כי "הם לא באמת התאמצו לבדל תקיפות וכיוונו למרכזי אוכלוסייה כדי לזרוע הרס. הם מלאי תחושת נקם. ההשפלה שצה"ל גרם להם גורמת להם לפגוע באוכלוסייה בישראל". בהתאם לכך הוחלט כבר בשלב הראשון להעביר אזהרות למשטר באיראן, בתחילה באמצעות דובר צה"ל בפרסית, כדי להניע אוכלוסייה מאזורי סיכון סמוך למתקנים צבאיים. אך ההתקפות על העורף הישראלי נמשכו, ולאחר מכן עבר צה"ל לפגיעה במסוף הדלקים בטהראן ובמתקן הגז בנמל בנדר עבאס. גם אחרי התקיפות, המשטר האיראני המשיך לשגר טילים לעבר מרכזי אוכלוסייה.