הפגיעה הקשה בבאר שבע בה נהרגו ארבעה אזרחים ו-20 נפצעו היא הקטלנית ביותר שספגה העיר באר שבע במהלך ימי המלחמה. 
צה״ל מתחקר כעת את האירוע הקשה.

התחקיר הוא כפול ומטרתו לבדוק שני דברים. הראשון – מדוע לא הצליחו הממ"דים בבניין להעניק מענה לאיום הטיל, שאגב, לא פגע פגיעה ישירה בממ״ד כמו בפתח תקווה לפני שבוע שם נהרגו שני בני זוג אלא בקיר חיצוני – ורק אחר כך הוא פגע בממ"דים כאשר באחת הדירות הממ״ד לא עמד באופן ההגנה הבסיסי, התפרק לחלוטין ושלושת בני המשפחה שהיו בו נהרגו. 

השני – יבדוק את הכשל של חיל האוויר. כאן אפשר לומר באופן ברור כי חיל האוויר ומערך ההגנה האווירית לא עמדו במשימה שלו להגן על מרחב העיר באר שבע באופן הדומה לפעילות שלו וליכולת ההצלחה של היירוטים במרכז הארץ. דובר צה"ל בשלב זה מתחמק מלהעניק הסברים.

דובר צה״ל טען כי "גם ברמת גן נפגעו בנינים", אלא שבחינה של העובדות מלמדת כי במהלך ימי המלחמה הופעלו תשע התראות על ירי טילים אשר כוונו לעיר באר שבע. שלושה טילים פגעו בעיר אחרי שמערכות ההגנה האווירית כשלו. כלומר, יחס הפגיעה בעיר עמד על אחד לשלוש, הרבה מאוד ביחס לשאר חלקי הארץ. במקרה הראשון פגע טיל בבית החולים "סורוקה" וגרם להרס רב. יממה לאחר מכן שוגר טיל עם ראש נפץ מתפזר אשר פגע וגרם להרס רב על פני שטח גדול בעיר והבוקר בשעה 05:40 שני טילים שוגרו לבאר שבע כאשר רק טיל אחד יורט והשני פגע. 

בחיל האוויר נדרשים כעת להשיב על שורה של שאלות קשות: הראשונה – כמה מיירטים שוגרו לעבר שני הטילים לבאר שבע הבוקר, השנייה –  כיצד נוהלה המערכה של הגנת שמי הדרום והאם הוענקה עדיפות ירוט על אתרים אסטרטגיים כמו מפעל הטקסטיל בדימונה ובסיסי חיל האוויר כמו חצרים ונוספים על חשבון הגנת שמי באר שבע. השאלה השלישית עליה יידרש חיל האוויר להשיב היא כיצד צה״ל מתכוון לשפר את רמת ההגנה האווירית על יישובי הפריפריה בישראל.

קצין בכיר בצה״ל מדגיש כי לא הייתה מדיניות מפלה של ירוט טילים מעל באר שבע.