הכי קל היה ליועצת לוותר על המשך הדיון בעתירה, שכן זה לא רק שרונן בר הודיע שיסיים את תפקידו ב-15 ביוני, זה שהממשלה החליטה לאחר הודעתו על ביטול החלטתה על פיטוריו. במצב כזה לא נשאר עוד בדל סעד פורמלי שהעותרים ביקשו ושבג"ץ היה אמור להחליט בעניינו. לכן, גם הכי קל היה לנשיא עמית למחוק את העתירות. זה מה שהיו עושים רוב קודמיו בתפקיד, כולל אלה שנחשבו לגדולי האקטיביסטים – אם אין מקרה קונקרטי שצריך להכריע בו, לא מכריעים. זו הגישה שרווחת גם בקרב האקטיביסטים – לא מכריעים אם לא חייבים. אלא שלא היועצת ויתרה, ולא עמית. שניהם מבינים היטב שאנחנו טסים במורד הדרך מממלכה למלוכה, שנתניהו החליט לוותר על כל שמץ של ממלכתיות, שנתניהו החליט סופית לשנות את שיטת המשטר בישראל. שניהם נעמדו בפרץ. על זה בתקווה ילמדו הנינים שלנו.
"בהינתן התקדימיות של סיום כהונת ראש השב"כ", כתב השופט עמית, "נוכח הפגמים המשמעותיים שנפלו במסגרת קבלת ההחלטה, ובשל החשיבות שבהבהרת הדין בנסיבות העניין, סברנו שאין להתייחס לכך כאפיזודה שהיא 'קצף על פני המים' ולהימנע מדיון". מכאן עמית החל להסביר מדוע ההחלטה התקבלה בניגוד להליך התקין ובניגוד לדין, בלי שעברה דרך הוועדה למינוי בכירים (ועדת גרוניס), ללא שימוע ראוי, והכי חשוב ומעניין – תוך ניגוד עניינים.
"ראש הממשלה עצמו אינו חשוד בשתי פרשות אלו", כתב עמית על פרשת קטרגייט ופרשת המסמכים, "אך איננו צריכים להרחיק עדותנו על מנת ללמוד כי יש לו אינטרס אישי בתוצאות אותם הליכים". מההסבר של עמית נראה כי קלענו כאן לדעת גדולים. במאמר שפרסמתי כאן לפני הדיון בבג"ץ, כתבתי כי מי שהעיד על ניגוד העניינים של ראש הממשלה, על אף שהוא עצמו אינו חשוד בשתי הפרשות, הוא ראש הממשלה בעצמו, כשבהופעותיו התקשורתיות קשר בין החקירות המנוהלות על ידי השב"כ לבין הרצון להפיל את "שלטון הימין בראשותי".
"הוא עצמו 'הכניס את ראשו לקלחת'", הסביר עמית, "והתייחס לאותן פרשות במסגרת הצהרות תקשורתיות שנשא בסמוך להתפתחויות משמעותיות במהלך חקירתן…. אם כן מדבריו של ראש הממשלה בעצמו עולה כי לתפישתו שלו התפתחות החקירות עשויה היתה להשליך בין היתר על עתידו הפוליטי. ראש הממשלה קשר את עצמו בעבותות לחקירות אלו ולתוצאתן, אף אם אינו חשוד בהן". ואז כתב את הדברים הבאים: "מסקנתנו היא, אפוא, שבמועד קבלת ההחלטה להעלות את נושא סיום כהונת ראש השב"כ לסדר היום…ראש הממשלה היה מצוי בניגוד עניינים באופן שצריך היה למנוע ממנו כל מעורבות בסוגיית הפסקת כהונת ראש השב"כ". עמית מרחיק לכת עוד יותר וכותב: "נושא משרה שעמד במצב של ניגוד עניינים אינו יכול להיות חלק מתהליך קבלת ההחלטה בנושא שלגביו מתקיים ניגוד העניינים; ועצם השתתפותו בהצבעה פוגמת בתקינות ההליך כולו". אין יותר ברור מזה.