המועצה פרסמה הודעה וציינה בה בין היתר את הנסיבות לפרישה: "מועצת חכמי התורה מביעה את כאבה לנוכח המשך הרדיפה הנוראה כנגד בני הישיבות המחזיקים את העולם כולו ומגנים על עם ישראל בתורתם, והניסיונות הנואלים להצר את רגליהם ולפגוע בפריחת עולם התורה. זכינו וראינו במהלך המלחמה ובפרט בלחימה באיראן, את חסדי ה' והנסים הגלויים שנעשו לעם ישראל, ואנו מאמינים בני מאמינים כי כל הנסים הגדולים שראינו הם בזכות התורה הקדושה".
לדברי המועצה, "בעקבות הפרת ההתחייבויות ואי העמידה בסיכומים ובהסכם הקואליציוני שנחתם עם הקמת הממשלה, מורה מועצת חכמי התורה לנציגי תנועת ש"ס להתפטר לאלתר מכל תפקידיהם בממשלה. עם זאת, אין מקום לשום שיתוף פעולה עם מפלגות השמאל והאופוזיציה להביא להכתרת מועמד שלהם לראשות המשלה ואף לא באופן זמני, שהרי גם הם שהובילו את ההסתה הפרועה כנגד בני התורה".
מועצת חכמי התורה "פונה בקריאה דחופה לראש הממשלה נתניהו ומפצירה בו לעשות את כל אשר ביכולתו כדי להביא בהקדם עסקה לשחרור אחינו החטופים, הנמקים במנהרות חמאס כבר 650 ימים ונמצאים במצב של סכנת נפשות ופיקוח נפש מיידי. מועצת חכמי התורה מורה לנציגי ש"ס וליו"ר התנועה הרב אריה דרעי, לעמוד בעניין זה לימינו של ראש הממשלה, ולסייע לו ככל הניתן על מנת לקדם את שחרור החטופים במהרה".