הרובד הנוסף שבו הועלתה הכוננות הוא מערך האבטחה בשירות הביטחון הכללי, שהינו מערך ייחודי ומקצועי הפועל בארץ ובחו"ל שאחראי בין היתר על אבטחת אישים בדגש על אלו שמוגדרים כ"סמלי שלטון", משלחות ממלכתיות, אבטחת פעילות מבצעית ואבטחת מתקנים. גורמים המצויים במעבר מאבטחה משגרה לחירום במהירות שיא אמרו כי בשלב הראשון כלל הקב"טים קיבלו הנחיות ברורות כיצד לתגבר ומה רמת האיום בכל יעד, בהתאם לתיקי המודיעין הרגישים ביותר מול יכולות איראנים ושלוחיהם, ולמעשה מערך האבטחה נדרך לרמה הגבוהה ביותר מאז תחילת המלחמה.
אחד המהלכים הבולטים כללו העלאת כוננויות בחו"ל בלוחות זמנים קצרים וסגירת נציגויות באזורים רגישים.
לדברי גורמי ביטחון לשעבר, במיקוד של השב"כ בשיא המבצע היו יחידות בתוך כוח קודס האיראני ביניהן: יחידה 400 שמבצעת פיגועים ופעילות חשאית ברחבי העולם ויחידה 840 שמגייסת סוכנים ומפעילה רשתות טרור, יחידת 910 של חיזבאללה, סוכני משרד המודיעין של איראן (MOIS) שהותקף תוך כדי המבצע, מיליציות בעיראק שהותקפו בסיסיהם הלוגיסטיים בכראמנשה בגבול בין המדינות, ורשתות "שלוחים" באירופה, אמריקה ואפריקה, אותם מפעיל "כוח קודס" על בסיס כנופיות מקומיות, כמו הניסיון לפיגוע שנחשף בקפריסין בתוך כדי המבצע.
לפי גורמים המצויים בתהליכי הפעילות של האגף האבטחה, הופעלו במקביל שורת הנחיות בהם מצאו את עצמם מאבטחים מוקפצים באישון לילה ומעבים מערכים בלוחות זמנים קצרים מאוד ובין היתר: הגברת מעגלי האבטחה סביב אישים, הכולל דרכים מקוריות שעליהן לא ניתן להרחיב. השיא הגיע כשאישים בכירים הגיעו לאתרי נפילת טילים והיה נדרש לאבטח אותם במרחב הציבורי הפתוח.
כל זאת במקביל לאבטחת עולם התעופה, שכולל בין היתר אבטחת נוסעים ישראלים, שילוב טכנולוגיות מהמתקדמות בעולם, כולל אבטחת רכיבים ב"רכבת האווירית" מחו"ל לישראל לאורך המבצע. תהליך זה הוגדר כ"אחד הרגישים" והביא למיצוי את הקשרים המעולים של השב"כ עם המקבילים במדינות זרות כדי לשמר רמת דריכות עליונה ולסכל כוונות טרור. הרי היה ידוע שבכל אחת מהטיסות יהיו בכירים במערכת הביטחון וגורמים מבצעיים של צה"ל.