מנגד, בכירי מערכת הבריאות ודיפלומטים ישראלים הזהירו מהשלכות כבדות של ניתוק הקשר עם הארגון. פרופ' נדב דוידוביץ', חבר מרכז טאוב וחבר הנהלת ארגון רופאים לזכויות אדם, טען כי "עזיבה של ארגון הבריאות העולמי תסכן את עם ישראל. אנחנו משתמשים בנתונים רפואיים של הארגון, מקבלים סיוע, ושומרים על קשרים עם מערכת בריאות גלובלית שחיונית לישראל – גם בשגרה וגם בחירום". לדבריו, הטענה לפיה ישראל תאבד את ריבונותה בעקבות שינוי התקנות, שגויה: "הארגון אינו יכול לכפות דבר על מדינות ריבוניות – כל יישום של תקנות מותנה באישור המדינה".
פרופ' דורית ניצן, לשעבר בכירה בארגון הבריאות העולמי, חיזקה את הדברים וציינה כי ישראל דווקא הצליחה להשפיע מבפנים ולמנוע צעדים מזיקים: "נלחמנו נגד הדרת נציגים ישראלים, הצלחנו להשיב את הפדרציה הישראלית לארגון הסטודנטים לרפואה, ויש לנו כיום ייצוג חשוב בוועד המנהל. עזיבה תוביל להתבודדות מסוכנת".
מנכ"ל משרד החוץ, עו"ד עדן בר-טל, הדגיש כי גם משרדי הממשלה שותפים לדאגה בנושא הריבונות: "אנו פועלים יחד עם משרדי הבריאות והמשפטים לסייג כל סעיף שעלול לפגוע בריבונות ישראל. אין לארגון סמכות לכפות מצב חירום על מדינה, וישראל רשאית להסתייג עד חודש יולי מכל תקנה".
בסיום הדיון יו"ר הוועדה ח"כ יוני משריקי ביקש ממשרד הבריאות להגיש לוועדה את רשימת ההסתייגויות הרלוונטיות, והודיע כי יתקיים דיון נוסף להערכת ההשלכות האפשריות של פרישה או הסתייגות מהתקנות.