השר לביטחון לאומי איתמר בן גביר תוקף את הפרקליטות: "הפרקליטות מפקירה את דמי – ואת דמם של כל שרי ממשלת ישראל". עוד טוען השר, כי הסדר הטיעון שנחתם עם שלושת הנאשמים בחולייה שתכננה את חיסולו, הינו בניגוד לחוק, מכיוון שהחוק מחייב שהפרקליטות תפנה לקבל את עמדתו בעניין. לדבריו, הפרקליטות לא פנתה אליו בנידון ולכן מן הסתם התייחסותו לא ניתנה.
לאחר שהבוקר (ראשון) פורסם כי בית המשפט המחוזי בבאר שבע קיבל את הסדר הטיעון וגזר את דינם של שלושה נאשמים מתוך החוליה על פיו, השר זועם על קלות הענישה. המורשעים הבוקר הם שני תושבי רהט – ויסאם סויטי וסעוד אבו לבן ותושב השומרון – מוחמד סבחה.
טרום הסדר הטיעון התקיימו בין הצדדים בין 8-10 ישיבות גישור, להן היה שותף בין היתר גם נשיא ביהמ"ש המחוזי ב"ש, השופט בני שגיא. ההסדר העונשי שהתגבש ושעליו סמך את ידו ביהמ"ש הוא תולדה של ישיבות הגישור. לאורך כל הדרך עמדתה העונשית של המאשימה (המדינה) התוותה ע"י פרקליט המחוז. גם הפרקליטות בעצמה הודתה שבעבור חלק מהנאשמים מדובר בהסדר לקולא, שנועד לחסוך בין השאר זמן שיפוטי. ביהמ"ש קיבל את החלטתו תחת ההנחה כי התביעה פעלה בתום לב ומתוך שיקולים ענייניים, אולם, מתגובת השר בן גביר עולה הרושם, כי הוא מטיל ספק בהנחה הזו.
במסגרת ההסכמה בין הפרקליטות לסנגורים בהסדר הטיעון אותו קיבל ביהמ"ש, הומר סעיף האישום המקורי נגד סויטי ואבו לבן מעבירה בסעיף של "קשירת קשר בסיוע לאויב" שדינו מאסר עולם או מוות לעבירה של "גילוי החלטה לבגוד" בה הודו הנאשמים. ביהמ"ש בהרכב השופטים: גילת שלו-אב"ד, איתי ברסלר-גונן ופאני גילת כהן כאמור קיבל את ההסדר, סבר שהוא מקל, אך עם זאת שיש לכבדו וקבע כי "מדובר בהסדר סביר". במקביל, עדיין ממשיך להתנהל משפטם של שבעה נאשמים נוספים באותה החוליה, ובהם המעורבים הדומיננטיים.
בכתב האישום המקורי, הואשם אבו לבן במעורבות, בתכנון ובהקמת תשתית הטרור ובניסיון ליצור קשר עם חמאס לקבלת חסות ומימון לפעולה וכן ניסיון לאתר קרקע ברהט, תחתיה רצו להקים מפעל לייצור אמל"ח וכן מתחם אימונים. ביהמ"ש גזר בסופו של דבר עליו חמש שנות מאסר בלבד, שנה על תנאי וקנס כספי של 3,000 ₪. סנגוריו, עוה"ד מוטלק בדראן ועלאא סולימאן, טענו בין היתר כי החקירה כנגדו כללה הפעלת לחץ על אמו, מה שהוביל להודאתו. במסגרת הסדר הטיעון אבו לבן הביע חרטה על מעשיו. עו"ד מוטלק בדראן התייחס הבוקר לגזר הדין ואמר: "כתב האישום המקורי החמיר עם אבו לבן, והסדר הטיעון כפי שהושג עם הפרקליטות וקיבל את ברכת בית המשפט מתיישב עם המציאות הראייתית".
בנוסף על אבו לבן, נגזר דינו באותה עבירה גם של ויסאם סוויטי ל-55 חודשי מאסר בפועל, 12 חודשי מאסר על תנאי וקנס של 3000 ש"ח. על מוחמד צאבחה שהורשע בעבירה של "קשירת קשר לרצח שהוא מעשה טרור" וכן בשהייה שלא כדין בישראל נגזרו שלוש וחצי שנים של מאסר בפועל, מאסר על תנאי לשנה על עבירות ביטחון ותנאי נוסף לעבירת שהיה בישראל של 4 חודשים וכן קנס של 2,500 ש"ח.
תגובת השר לביטחון לאומי, איתמר בן גביר להחלטה: "הפרקליטות מפקירה את דמי – ואת דמם של כל שרי ממשלת ישראל. הסדר הטיעון שנחתם עם המחבלים שתכננו לרצוח אותי בירי RPG הוא בושה וחרפה: סעיף האישום החמור של "קשירת קשר בסיוע לאויב" שדינו מוות או מאסר עולם, הומר ל"גילוי החלטה לבגוד" – עבירה קלה בהרבה, שבמסגרתה יירצו עד 5 שנות מאסר בלבד. הסדר כזה משדר מסר מעודד לטרור: תמשיכו לנסות לבצע חיסולים ולפגוע בסמלי שלטון – ותצאו בזול. האבסורד חמור שבעתיים כשמבינים שאיש לא טרח לשוחח איתי לפני ההסדר, ולא קיבל את עמדתי – בניגוד לחוק. זו לא רק פגיעה אישית, זו פגיעה במדינה כולה. ידע הציבור בישראל: הפרקליטות מפקירה את חיי נבחרי הציבור".