עבור אינדונזיה, הקשרים עם ישראל הם שדה מוקשים פוליטי. החברה האינדונזית, ובמיוחד האליטה האסלאמית, אינה מוכנה לוותר בקלות על העמדה המסורתית התומכת בפלסטינים. כל ניסיון לקרב בין המדינות נבחן בזכוכית מגדלת, ובדרך כלל נבלם מול תגובות ציבוריות קשות.
אך מאחורי הקלעים, המנהיגים באינדונזיה מבינים היטב את היתרונות הטמונים בקשרים עם ישראל – גישה לטכנולוגיה מתקדמת, שיפור המוניטין הבינלאומי, והזדמנות להיות חלק ממערך איזון חדש מול ההשפעה הסינית הגוברת באזור. לא אחת נשקלה האפשרות לפתוח נציגות כלכלית בלתי רשמית בתל אביב או בירושלים – יוזמה שעלתה, גוועה, וחוזרת לעלות מדי כמה שנים, לרוב בלחץ אמריקני.
בעידן שלאחר הסכמי אברהם, רבים האמינו שאינדונזיה תהיה הבאה בתור. ארצות הברית אף ניסתה לתווך, והועלו מספר הצעות סיוע כלכלי מרחיקות לכת כתמריץ לנרמול היחסים. אך הרגישות הפוליטית, ממשיכה לשמש מכשול.
מצד שני, הקשרים הפרקטיים נמשכים. אנשי עסקים אינדונזים מבקרים בישראל תחת דרכונים זרים, שגרירים לשעבר משמשים כצינור לא רשמי להעברת מסרים, ואפילו בתחום הרפואה שיתופי הפעולה מתרחבים – בין השאר סביב משברים הומניטריים ואסונות טבע ברחבי העולם.