רפאלוב, שגדל במחלקת הנוער של מכבי חיפה, עלה לקבוצה הבוגרת ב-2004 וסייע לזכייה בשלוש אליפויות (2005/2006, 2008/09, 2010/11), לפני שנמכר לקלאב ברוז'. לאחר ששלט בליגת העל, הפך הקשר הנהדר אט אט גם לאחד השחקנים הטובים בכדורגל הבלגי, שם שיחק מ-2011 עד 2023 (בקלאב ברוז', אנטוורפן ואנדרלכט).

בבלגיה זכה בשתי אליפויות (2015/16, 2017/18) עם קלאב ברוז', לצד גביע עם ברוז' (2014/15) ואנטוורפן (2019/20). בסך הכל, רשם 86 שערים ו-67 בישולים בליגה הבלגית, ב-334 הופעות.

בקיץ 2023 סגר מעגל ושב לקבוצת נעוריו, תוך שהוא מוכיח שגם בגילו המתקדם הוא יכול לתרום ברמות הגבוהות ביותר של הכדורגל הישראלי. העונה, למשל, כבש 10 שערי ליגה ב-31 הופעות. בנבחרת ישראל, שם רבים חשבו שלא זכה להערכה לה היה ראוי, רשם לאורך הקריירה 39 הופעות ו-6 שערים.