בנוסף, לפי חוות דעתה של בהרב-מיארה, נתניהו מצוי בניגוד עניינים בשל פרשות המסמכים המסווגים וקטארגייט, בהן נחקרים יועצו לשעבר אלי פלדשטיין ויועצו הנוכחי יונתן אוריך. הפרשות נחקרות גם בסיוע שב"כ ולכן לדעת בהרב-מיארה הוא מצוי בניגוד עניינים. בנוסף, היועמ"שית טענה כי הממשלה יכולה למנות ראש שב"כ באמצעות האצלת הסמכות למינוי ראש שב"כ מראש הממשלה לשר אחר, ודי בכך על מנת לנטרל את ניגוד העניינים.
נתניהו מצידו טוען שנסיבות ביטחוניות מבטלות את ניגוד העניינים אליו טוענת היועמש"ית וכי בשל מערכת היחסים המיוחדת בין ראש הממשלה לראש שב"כ יש לאפשר לו למנות את ראש שב"כ. בנוסף, נתניהו טוען כי מדובר בסוגיה פוליטית שאסור להכניס לתוכה את ביהמ"ש העליון.