צה"ל דרש בתחילה מיגון מאסיבי בעלות של 800 מיליון שקל, ששר האוצר בצלאל סמוטריץ' סירב לממן. בעקבות הלחץ הציבורי ושינוי המצב בעזה הסכים הצבא להציב מיגון קל יותר, באמצעות אלמנטי בטון מוכנים שיוצבו בשני מקטעים ממערב למסילת הרכבת: מקטע ראשון הוקם מזרחית לקיבוץ ארז, באורך 300 מטר ובגובה 7 מטר ומקטע שני הוקם מערבית לשכונת הבוסתנים בשדרות, באורך 165 מטר ובגובה 3 מטר. בנוסף הוצבו באחד הקטעים קרונות מטען ועליהם מכולות, כדי להסתיר רכבות נוסעים שעוברות מאחוריהם מעיני צופים מעזה.
סגירת הקו העלתה את השאלה מה הערך המיגון שהוצב במקום, שאפילו צה"ל שתכנן וביצע אותו לא סומך עליו. ומנגד, האם לא היה מדובר אלא במבצע יחסי ציבור להרגעת התושבים, בלי פתרון אמיתי לבעיה, למרות הבטחות המדינה ומנהלת תקומה לשקם את האזור אחרי מתקפת החמאס ולהבטיח שהתושבים יוכלו לשוב לשגרת חייהם.
אהד כהן, מנכ"ל תנועת עתיד לעוטף, אמר אז כי "תושבי העוטף אינם מתג שניתן לכבות ולהדליק. יום אחד יש רכבת, ביום אחר אין. המצב הזה בלתי נסבל, ואנחנו דורשים תשובות ברורות ושקופות. אם המיגון היה אמור לאפשר את פעילות הרכבת – מדוע היא לא נוסעת? אנו דורשים מפיקוד דרום שהרכבת תשוב למסילה עוד היום. העוטף זקוק לתחבורה ציבורית יציבה, אמינה ומתפקדת, במיוחד בתקופות חירום".