במבצע חשאי ומורכב של המוסד למודיעין ולתפקידים מיוחדים תחת משרד ראש הממשלה, בשיתוף-פעולה עם שירות עמית אסטרטגי, הובא לישראל הארכיון הסורי הרשמי על אלי כהן ז"ל, ובו אלפי ממצאים אשר הוחזקו בידי כוחות הביטחון הסורי באופן ממודר ביותר, במשך עשרות שנים. 

החומרים הובאו ארצה בסמיכות זמנים מרגשת וסמלית לקראת ציון יום השנה ה-60 להוצאתו להורג ב-18 במאי 1965 בכיכר הראשית באלמרג'ה בדמשק.

בפגישה מיוחדת שנערכה היום במעמד ראש הממשלה בנימין נתניהו וראש המוסד דדי ברנע, הוצגו לאלמנתו של אלי כהן ז"ל, נדיה כהן, מספר מסמכים מקוריים וחפצים אישיים מהממצאים שאותרו בסוריה. בין המסמכים מסמך הצוואה המקורי, אותו כתב אלי כהן ז"ל שעות לפני הוצאתו להורג, ואשר עד כה נחשף בגלוי רק העתק ממנו.   

בצוואתו המקורית נכתב: "לאשתי נדיה והילדים. זה דבר אחד עבורכם להיות בקשר, ומכיוון שאלו המילים האחרונות, אני ממליץ לכם להתכתב תמיד אחד עם השני. אני מבקש ממך, נדיה, להקשיב לי ולהתעניין בעצמך ובילדים, להתווכח איתם ולחנך אותם במלואם, ולא לראות את עצמך או אותם כמי שיש להם קשר קבוע עם המשפחה שלי".

"את יכולה להתחתן עם מישהו אחר כדי שיהיו לו ילדים. אבא – אני מאחל לך חופש מוחלט. אני מקווה שאתה לא מבלה את זמנך במשהו עכשווי, אלא תמיד חושב על העתיד. אלו הנשיקות האחרונות מהפנים שלי אליך, לקול שלי, לפריז ולכל המשפחה, במיוחד לאמי, אודטה ומשפחתה – ומוריס ומשפחתו. ועזרא ומשפחתו. שרה ומשפחתה, ציון ומשפחתו, אלפרד ומשפחתו ועלי פרו. ואל תשכח את כל משפחתך היקרה, שה' ישלח להם את שלוותי וגעגועיי האחרונים – ואל תשכח".

"תפילות על נשמת אבי ועל נשמתו. ולכולכם, נשיקות השלום האחרונות".

הארכיון המיוחד כולל כ-2,500 מסמכים, תמונות וחפצים אישיים ומקוריים שרובם ככולם נחשפים בפעם הראשונה. חומרים אלו נאספו על ידי המודיעין הסורי לאחר תפיסתו בינואר 1965 וכוללים הקלטות ותיעוד מתיקי החקירה של אלי כהן ז"ל ושל גורמים עימם היה בקשר, מכתבים בכתב ידו לבני משפחתו בישראל, תמונות מפעילותו בזמן שליחותו המבצעית בסוריה, וחפצים אישיים שנלקחו מביתו לאחר לכידתו.

הבאת החומרים ההיסטוריים הינה תוצר של מאמץ של עשרות שנים של גורמי המודיעין, המבצעים והטכנולוגיה במוסד לאיתור כל פיסת מידע אודות אלי כהן ז"ל בניסיון לשפוך אור על גורלו ומקום קבורתו. במהלך השנים, פעל המוסד יחד עם שותפים בקהילת המודיעין והביטחון בארץ ובעולם ומימש עשרות פעילויות ומבצעים, כולל במדינות אויב. 

בחפציו האישיים נמצאו המפתחות לדירתו בדמשק, דרכונים ותיעוד מזויף בהם עשה שימוש, ותמונות רבות מתקופת פעילותו החשאית בסוריה, בהן תיעוד של אלי כהן ז"ל עם בכירי צבא וממשל סורים. כמו-כן, ברישומים הרבים שנמצאו בפנקסים והיומנים שנאספו מביתו על ידי המודיעין הסורי, היו בין היתר, גם משימות שקיבל מהמוסד לביצוע בחשאיות, בהן בקשה לבצע מעקב אחר מטרה ומשימה להבאת מודיעין על בסיסי צבא סוריים בקונטרה. 

גם המסמך המקורי של גזר הדין וההחלטה להוציאו להורג אותר בין המסמכים הרבים. במסמך זה קבע בית המשפט לאפשר לר' הקהילה היהודית בדמשק, הרב ניסים אנדבו ז"ל, ללוות את אלי כהן ע"פ המסורת היהודית. 

מבין התיקים הרבים שאותרו בארכיון, נמצא גם תיק עב כרס כתום שכותרתו 'נדיה כהן'. מעיון בתיק עולה, כי שירות המודיעין הסורי סקר את כלל הפעילות שהגברת כהן קידמה למען שחרור בעלה מהכלא הסורי, לרבות המכתבים הרבים ששלחה למנהיגים בעולם, ולנשיא סוריה בקריאה לשחרורו. 

ראש הממשלה בנימין נתניהו: "אלי כהן הוא אגדה. במבחן הזמן הוא מתגלה כסוכן המודיעין הגדול ביותר בתולדות המדינה, שגבורתו ופעילותו תרמו לניצחון ההיסטורי במלחמת ששת הימים. ארכיון אלי כהן שהובא במאמץ מיוחד יחנך דורות, ומבטא את מחויבותינו הבלתי-נלאית להחזיר ארצה את כל נעדרינו, שבויינו וחטופינו".

ראש המוסד דדי ברנע:"הבאת הארכיון הינה הישג משמעותי בעל ערך ערכי ומוסרי מהמעלה הראשונה, וצעד נוסף בקידום החקירה לאיתור מקום קבורתו של האיש שלנו בדמשק. משימה חשובה זו עומדת לנגד עינינו, ואנו מחויבים להמשיך ולעשות ככל יכולתנו על מנת לממשה. נמשיך לפעול לאיתורם והשבתם של כל הנעדרים, החללים, והחטופים – החיים לשיקום והחללים למנוחת עולמים בקבר ישראל".